La famille Batman est revenue dans le présent pour découvrir que le Japon a disparu et qu'une île géante - Hinomoto - se trouve désormais dans le ciel de Gotham City. Au sommet se trouvent les Yakuza, un groupe d'individus surpuissants qui règnent sans honneur ni humanité et qui ressemblent étrangement à la Ligue des Justiciers. C'est maintenant à Batman et à ses alliés de sauver Gotham !