La saison 3 nous dévoile Hanna, plus déterminée que jamais, à détruire Utrax, la sinistre organisation qui l'a créée, avec l'aide de Marissa Wiegler, un ancien agent de la CIA. L'histoire s'étend dans toute l'Europe et conduit surtout Hanna et Marissa à découvrir l'ampleur réelle et effrayante de l'opération ainsi que l'identité de ceux qui en sont à l'origine.