Six mois se sont écoulés depuis la libération des monstres d'Indian Hill sous le commandement de Fish Mooney. La police est sur les dents et la population a peur. Bruce est décidé à faire la lumière sur les incidents qui ont amené Wayne Enterprises à financer les projets fous d'Hugo Strange, et veut arrêter la corruption et les affaires frauduleuses dont l'entreprise est victime mais la cour des hiboux n'est pas près de renoncer à son emprise sur Gotham. Jim n'est désormais plus avec la femme qu'il aime et est plus motivé que jamais pour débarrasser la ville de la criminalité qui a pris un autre visage : celui des mutants. Toujours aidé de son partenaire Harvey Bullock, il doit désormais compter avec le nouveau maire de la ville : le Pingouin.